一场大规模的恐怖袭击，一个牵扯无数内幕的神秘组织，这个关乎整个东京的可怕计划即将拉开帷幕…首脑云集的东京峰会举办在即，会场突然发生超大规模的爆炸事件，不仅在现场发现行踪诡异的安室透，毛利小五郎更是惨遭陷害。面对最危险任务，最烧脑的推理，最艰难的博弈，柯南能否在迷雾中寻找到唯一的真相。

某年的5月1日，最新一届东京首脑峰会在伫立于东京湾的全新场馆“海洋边际（Edge of Ocean）”中召开。是日，总计约2.2万名警察出动，执行峰会期间的安保工作。然而就在开幕式当天，刺耳的爆炸声撕裂了“海洋边际”内外的祥和宁静。在众多警务人员当中，从属于有权指挥全国公安警察、警察厅秘密组织“零课”的安室透（古谷彻 配音）引起了柯南（高山南 配音）的注意。安室行事诡秘谨慎，虽然符合他的身份，可是某种不协调感似乎正透露他心中的秘密。大爆炸引起的骚动尚未褪去，而根据现场的证物和指纹，原本拥有警察身份的毛利小五郎（小山力也 配音）则被视为犯罪嫌疑人。围绕对小五郎的抓捕，柯南与安室展开连番的角力。在此期间，柯南听说一段关于安室的旧闻。当年安室在追捕某嫌疑犯时，曾经迫使对方自杀。当检方准备对小五郎提起诉讼时，高度戒备的东京又接二连三发生多起恐怖爆炸袭击事件。警方疲于奔命，柯南则在纷乱的头绪中发现些许线索，东京首脑峰会开幕的日子刚好是大型无人探索航空器“天鹅”从火星返回地球的日子。这两个时间到底有什么关联？而神秘莫测的安室透究竟是敌人？还是伙伴？真实？正义？爱？不择手段的绝密任务，以冷酷无情的手段泼下了复仇之雨，只为心中那笃定要去守护的东西……